二尊院（にそんいん）は、承和年間（834～847年）に嵯峨天皇の勅願（ちょくがん）により、第三代天台座主・円仁（慈覚大師）が建立したことに始まる。
応仁の乱によって堂塔伽藍は全焼してしまったが、永和18年（1521）に三条西実隆公が各地で寄付を求め、本堂・唐門が再建された。 現在では、本堂・総門・八社宮・湛空上人廟は京都市指定文化財に指定されている。
二尊院（にそんいん）は古来より、天台宗・真言宗・律宗・浄土宗の道場として栄え、江戸時代後期からは天台宗に属し、「嵯峨三名跡」の一つに数えられる。
また、「モミジの馬場」として嵐山の名所にもなっており、参道両端に連なる真っ赤な紅葉は名所にふさわしい美景を持つ。