長保寺（ちょうほうじ）の本堂は、長保2年（1000年）に一条天皇の勅願により、円仁（えんにん）の弟子である性空（しょうくう）によって創建された。
江戸時代に入ると和歌山城に入った浅野幸長（あさの よしなが）より5石の寄進（きしん）を受け、寺領は505石となっている。 その後、紀州徳川家として紀州藩主になった徳川頼宣（とくがわ よりのぶ）は、長保寺（ちょうほうじ）を紀州徳川家の菩提寺（ぼだいじ）とした。 東斜面には広大な藩主廟所（はんしゅびょうしょ）があり、頼宣以降の吉宗と家茂（いえもち）を除く歴代藩主が眠っている。
創建時は現在地より西方にあったが、鎌倉時代末期に寺地を現在の場所に移し、その際に寺院すべての建物が整えられた。
本堂・多宝塔（たほうとう）・大門・鎮守堂（ちんじゅがみ）といった主要なお堂は鎌倉時代に再建されたもので、 本堂・多宝塔・大門の3棟は国宝に指定されている。
また、鎮守堂（ちんじゅがみ）は国の重要文化財となっている。本堂や多宝塔（たほうとう）と同時期に建立されたと言われており、明治時代には瓦葺に改め、昭和3年には現在の檜皮葺に修復されている。
貴重な建造物の周りには桜や牡丹（ぼたん）などの植物が多く植えられ、「花の寺」としても全国的に有名である。